Fra den romerske familie Conti di Tuscolo er der kommet 5 paver Giovanni XII (955-964); Benedetto VIII(1012-1024); Giovanni XIX(1024-1032) og Benedetto IX var den sidste i rækken, til gengæld blev han pave i tre omgange.

Han blev udnævnt fordi hans far Alberic III, greve af Tuscolo havde den civile magt over byen Rom, men han udførte sit arbejde som pave på en fornuftig måde. Han havde et goddt forhold til den tyske kejser Conrad II og til dennes efterfølger i 1039 Henrik III, men det var tydeligt at han ønskede at løsgøre Pavestaten fra den tyske indflydelse. Dette skete blandt andet på en synode i 1044, hvor han udnævnte en norditaliensk ærkebiskop imod et tysk ønske. Den tyske kejser støttede pavens fjender, og han måtte i slutningen af 1044 flygte ud af byen. I januar 1045 udnævnte kejseren biskoppen af Sabina til pave og han tog navnet Silvestro III (1045).  Benedetto IX erklærede Silvestro III for antipave, og da Silvestro III efter 21 dage trak sig tilbage fik Benedetto IX sit comeback i 1045, men han blev tvunget til at nedlægge tiaraen allerede efter 20 dage, hvorefter pave Gregorio VI (1045-1046) blev valgt og Benedetto IX fik en stor sum penge (et gyldent håndstryk) til sin pension. Så nu var der tre paver med forskellige ønsker til pavestolen!