Benedetto var romer og arbejdede ved administrationen i Lateranet og virkede som præst ved S. Callisto, da han blev valgt til pave. Paven blev valgt samtidig med en kejserlig udnævnelse af Anastasio (855) til antipave. Anastasio var blevet ekskommunikeret af den foregående pave Leone IV. Samtidig med at de kirkelige stridigheder, der var begyndt under pave Leone IV, mellem paven, Biskoppen af Reims og patriarken af Konstantinobel fortsatte, arbejdede paven på at forene stridende parter i kampen mod saracenerne. Han fik genopbygget S. Paolo fuori le Mura, som saracenerne havde nedbrændt i 846. På den tid opholdt kongen af West Saxons og hans søn sig som pilgrimme i Rom.